Писатель родился 4 февраля 1873 года в фамильном имении Хрущёво-Левшино (Елецкий уезд, Орловской губернии) в купеческой семье. В семье было пятеро детей.

В 1883 году он был принят в первый класс Елецкой классической гимназии, где за 6 лет учёбы дошёл только до четвёртого класса. Вступив в конфликт с учителем географии, был отчислен из гимназии «за дерзость учителю» с «волчьим билетом».
Проживая в Тюмени у своего дяди – купца И. И. Игнатова, владельца Жабынского судостроительного завода, показал умение учиться. В 1893 году после окончания Тюменского Александровского реального училища, не поддавшись уговорам бездетного дяди унаследовать его дело, Пришвин уехал в Елабугу и сдал там экстерном экзамены за полный курс классической гимназии.
Осенью того же 1893 года поступил на химико-агрономическое отделение химического факультета Рижского политехникума, там увлёкся марксизмом, был в 1897 году арестован и год провёл в тюрьме.
В 1900 году, уступив настояниям матери, уехал учиться в Германию. После нескольких месяцев занятий в Лейпцигской торговой школе Пришвин перешёл в университет (агрономическое отделение философского факультета), куда его зачислили 18 апреля 1901 года.
Весной 1902 года Пришвин получил диплом инженера-землеустроителя и вернулся на родину. Несколько лет работал агрономом, писал брошюры по сельскому хозяйству, но после путешествия на Север (по Карелии, на Соловецкие острова и в Скандинавию) в 1906-1907 годах всерьёз обратился к литературе.
В детском журнале «Родничок» в 11-м и 12-м номерах за 1906 год был напечатан первый рассказ 33-летнего Пришвина под названием «Сашок», в котором он говорит о единстве неповторимо прекрасной природы и человека.
Первая книга писателя «В краю непуганых птиц» (издана в 1907 г.) – путевые очерки, составленные из наблюдений над природой, бытом и речью северян. Она принесла Пришвину известность, писатель был удостоен серебряной медали Императорского географического общества и звания действительного его члена.
Следующая книга «За волшебным колобком» (1908) помогла автору оказаться в центре литературной жизни Петербурга. В этом произведении, как и в следующем «Чёрном арабе» (1910), сочеталась научная пытливость с особой натурфилософией и поэзией природы.
Писатель много путешествовал по Русскому Северу, Заволжью, Крыму и Казахстану, бывал на Дальнем Востоке, в Сибири, на Алтае. Впечатления от путешествия на Алтай легли в основу очерка «Адам и Ева» (1911), зафиксированы в «Сибирских дневниках» – это часть ранних дневников Пришвина 1905–1913 гг.
Во время Первой мировой войны (1914-1916) был военным санитаром и фронтовым корреспондентом. С осени 1917 года до весны 1918 года Пришвин был членом редакции газеты партии эсеров «Воля народа», публиковал в ней антибольшевистские статьи, был арестован, находился в пересыльной тюрьме.
Спасаясь от повторного ареста, писатель в апреле 1918 года покинул Петроград и в унаследованном от матери небольшом имении под Ельцом занимался крестьянским трудом. Но осенью 1918 года имение было реквизировано по постановлению местного сельского Совета. После этого Пришвин работал библиотекарем в селе Рябинки, а затем учителем географии в бывшей Елецкой гимназии.
После Октябрьской революции жил в Ельце, на Смоленщине, в Подмосковье; вёл педагогическую деятельность, занимался охотой и краеведением. В конечном счёте, смирился с новой властью.
С 1923 года до конца жизни работал над автобиографическим романом "Кащеева цепь".
В 1941 году Пришвин эвакуировался в деревню Усолье Ярославской области, где протестовал против вырубки леса вокруг деревни торфоразработчиками. В 1943 году писатель вернулся в Москву.
Умер 16 января 1954 в Москве.