Герб, по сведениям музея имени Фелицына, повторял изначальный Александровский герб 1874 года, только на верхнем штандарте увеличился символ золотого двуглавого орла, а на самом полотнище на смену вензелю царя пришли буквы «РФ».

В начале XXI в. возникла необходимость регистрации в Государственном Геральдическом регистре герба Краснодарского края. Выяснилось, что принятый в 1995 году герб имеет недочеты. Для их устранения в 2002 году при главе администрации Краснодарского края была создана геральдическая комиссия. Через два года был разработан новый герб Краснодарского края с рядом изменений и доработок. Была изменена форма стягов, имперская корона заменена на княжеский головной убор, как напоминание о Тмутараканском княжестве. Исчезли дубовые и лавровые ветви, а лента императора заменена парой лент Ордена В.И. Ленина, которыми край был награжден дважды. В центральный штандарт вернулся вензель Александра II.

Сейчас различные символы герба Краснодарского края имеют особое обоснование:

Зеленое поле - символ изобилия кубанских полей, надежды на лучшее будущее.

Открытые ворота крепости - символ гостеприимства и миролюбия.

Пернач – символ власти.

Два бунчука – символ кубанского казачества.

Черный возникающий императорский орел на золотом поле - символ памяти о времени заселения кубанских просторов, дарованных казакам императрицей Екатериной II.

«Кавказский крест» - крест с мечами «За службу на Кавказе» - символ, напоминающий об окончательном присоединении Кубани к России.

Древняя княжеская корона (шапка) – символ памяти о древнерусском Тмутараканском княжестве, располагавшемся на Таманском полуострове, территории Краснодарского края.

Лазоревые знамена и штандарт с вензелями российских самодержцев – отражение славных подвигов кубанских казаков при обороне южных рубежей России и благодарность за самоотверженную службу во славу Отчизны.

Лавровый венок в навершии штандарта – символ трудовой славы жителей Кубани.